Veselības ministrijā no 2009.gada 15.septembra ir četri departamenti un trīs pastāvīgās nodaļas.

Ministrijas valsts sekretāra tiešā pakļautībā atrodas Administratīvi juridiskais departaments, Budžeta un investīciju departaments, kā arī trīs pastāvīgās nodaļas Komunikācijas nodaļa, Audita un kvalitātes nodaļa, Eiropas lietu un starptautiskās sadarbības nodaļa.

Ministrijas valsts sekretāra vietnieka pakļautībā ir  divi departamenti - Veselības aprūpes departaments un Veselības politikas plānošanas departaments.

Veselības ministrijas grafiskā struktūra (no 2010.gada 1.marta)

Veselības ministrijas struktūrvienības:

Veselības ministra birojs
Administratīvi juridiskais departaments
Budžeta un investīciju departaments 
Veselības aprūpes departaments
Veselības politikas plānošanas departaments
Audita un kvalitātes nodaļa
Eiropas lietu un starptautiskās sadarbības nodaļa 
Komunikācijas nodaļa

Veselības ministrijas konsultatīvās un koordinējošās institūcijas:

Veselības nozares stratēģiskā padome
Veselības ministrijas Galveno speciālistu institūcija